XVII amžiuje Tobolsko miestas pasiekė didelę plėtrą, jis buvo vadinamas Sibiro sostine. Iš pradžių Kremlius buvo medinis. Tačiau jis dažnai būdavo gaisrai, todėl XVII a. 70-ųjų pabaigoje gubernatorius Peteris Šeremetjevas gavo caro įsakymą pastatyti akmenį Tobolsko Kremliui. Taigi 1677 m. Prasidėjo naujos Kremliaus ir Šv. Sofijos katedros statyba.
Statyba
Hagia Sophia bažnyčia buvo pastatyta per 10 metų, tačiau Tobolsko Kremlius, prieš pasirodant galutinai, turėjo būti pastatytas daugiau nei keliolika metų. Tvirtovės sienos aukštis siekė keturis su puse metro, o ilgis - 620 metrų. Jame buvo 9 apsaugos bokštai. Sienų viduje buvo pastatytos kelios bažnyčios ir gražūs rūmai (Kazennaya, Prikaznaya ir kt.), Gostiny Dvor. Šių statinių architektūroje pastebima Europos architektūros įtaka, būdinga Petro Didžiojo valdymo laikais. Projektuotojas ir statybos vadovas buvo nuostabus rusų kartografas ir geografas Semjonas Remezovas.
Kuriam laikui Kremliaus statyba buvo sustabdyta ir atnaujinta tik 1746 m. Tais metais šalia Hagia Sophia buvo pastatyta užtarimo katedra. Iki XVIII amžiaus pabaigos Tobolsko Kremlius prarado gynybinę reikšmę ir pradėjo virsti miesto centru. Natūralu, kad tvirtovės sienas reikėjo išardyti. Šalia Pokrovskio katedros buvo pastatyta aukščiausio Sibiro dvasininko rezidencija - vyskupas, o šalia Ordino rūmų - vicemerų rūmai - gražus pastatas rusų klasicizmo stiliumi. Tačiau žinomiausias momentas Kremliaus istorijoje buvo milžiniškos keturių pakopų katedros varpinės (75 metrų) statybos pabaiga pačioje XIX a. Išvakarėse.
Kremliaus Tobolsko kalėjimo pilis
Nuo pirmojo naujojo amžiaus dešimtmečio Tobolskas nustojo būti laikomas Sibiro sostine ir perleido šį titulą kitam dideliam Sibiro miestui - Omskui, pats virsdamas nuteistųjų perkrovimo punktu. Todėl kalėjimo pilis buvo pastatyta Kremliaus teritorijoje, talpinanti apie pusantro tūkstančio kalinių. Kokių garsių svečių ši pilis nepriėmė į savo „svetingas“ sienas: Černyševskis, Dostojevskis, Korolenko, Petraševskis ir kt., Beje, sovietmečiu, ypač Stalino laikais, šis kalėjimas taip pat tarnavo savo paskirtiui.
