Dėl išskirtinės Japonijos vietos ir natūralių bei klimato veiksnių salose nebuvo derlingos žemės. Šalis neturi sausumos ryšių su žemynu. Dėl užsitęsusios izoliacijos kai kurie Japonijos gyvūnai yra taip modifikuoti, kad priskiriami porūšiams.
Japonijos salų augalai
Apie 60% Japonijos yra miškai. Salose yra apie 2750 augalų rūšių, iš kurių 168 yra panašūs į medžius. Nepaisant kompaktiško teritorijos dydžio, šalies klimatas yra nevienalytis. Salose pastebimos tropikams, subtropikams ir vidutinio klimato platumoms būdingos augalų rūšys.
Japonijos augalai ir gyvūnai ilgą laiką vystėsi atskirai nuo žemyno. Tai lėmė tam tikrus rūšių evoliucijos skirtumus.
Atogrąžų ir subtropikų augmenija
Atogrąžų miškai būdingi Ryukyu saloms. Iš medžių formų dažniausiai būdingos šios: palmės, cikados, fikusai ir kt. Kalniniuose regionuose aptinkama pušis ir eglė. Salose yra daug vynmedžių ir epifitų, tarp kurių vyrauja paparčiai. O. Yaku yra žinomas dėl to, kad yra išsaugojęs maždaug 2 tūkstančių metų senumo medžius. Jų ilgis yra iki 50 m, o bagažinės skersmuo - iki 5 m.
Jūros pakrantė apie. Kyushu taip pat užima tropinė augmenija. Šioje saloje galima rasti subtropinių medžių miškus iki 1 km aukščio. Tie patys floros atstovai būdingi Shikoku ir Honshu (pietinė dalis). Dominuojančios rūšys yra amžinai žaliuojantys ąžuolai, kiparisai, pušys, arborvitae ir kitos endeminės rūšys. Augalyje galima atskirti magnolijas ir azalijas. Senovėje pietinę Japonijos salų dalį užėmė laurų miškai, kur daugiausia augo kamparo laurai, arbatos krūmas ir japoninė kamelija. Šiandien šios miškų bendruomenės yra tik apie. Honšiu. Rūšių sudėtis juose šiek tiek pasikeitė. Subtropinėje zonoje kai kuriose vietose galima rasti bambuko ir ginkmedžio giraites.
Lapuočių miškai
Šiaurinė dalis apie. Honšui ir pietinei kun. Hokaidą užima šie miškai. Jose dominuoja ąžuolai, bukai, kaštonai, klevai, liepa, uosis, skroblas ir kiti sumedėję augalai. Kalnų šlaitai yra lapuočių ir spygliuočių miškų zona. Pastaruosius vaizduoja kriptovaliutos, tsuga, kukmedis ir kt.
Apie. Hokkaido, esančio 0, 5 km aukštyje virš jūros lygio, šią augalų bendriją keičia eglė su bambuko priemaiša. Dalis kalnų viršūnių yra už miško zonos. Juos okupuoja specialios augalų bendruomenės, tarp kurių yra kedro elfų, rododendrų, viržių ir kt.
Dėl ribotos teritorijos ir tankiai apgyvendintų teritorijų antropogeninis poveikis Japonijos florai ir faunai yra gana didelis. Paprastieji miškai yra sumažinami, o jų vietoje sukurta dirbamoji žemė.
